Sistem penjaminan mutu di Fakultas Farmasi dilaksanakan oleh Unit Jaminan Mutu dan Sistem Informasi. Organisasi Penjaminan Mutu di tingkat jurusan yaitu dilaksanakan oleh K2JM (Kelompok Kerja Jaminan Mutu) dan organisasi penjaminan mutu di tingkat program studi yaitu TMJM (Tim Monitoring Jaminan Mutu). Untuk keperluan audit internal, Fakultas Farmasi bekerja sama dengan LPPMP Universitas Halu Oleo dengan membentuk Tim Audit Mutu Akademik Internal (AMAI) Fakultas Farmasi. Audit mutu akademik terhadap program studi yang dilakukan oleh Tim AMAI Fakultas Farmasi setiap semester. Beberapa aspek dari penjaminan mutu yang telah dilakukan Jurusan Farmasi antara lain:
- Standar Mutu
- Kebijakan Mutu
- Manual Mutu
- Formulir Mutu
Administrasi pelayanan akademik di Fakultas Farmasi melalui program studi dikelola menggunakan perangkat lunak SIAKAD sejak berdiri sampai sekarang, meliputi pengisian KRS, daftar hadir mahasiswa, input nilai, pengeluaran KHS (Kartu Hasil Studi). Prodi rutin mengisi evaluasi diri setiap semester berupa EPROGRAM STUDIBED (EPSBED). Seluruh komputer di lingkup Fakultas Farmasi sudah terhubung dengan jaringan internet yang dikelola UJMSI. Tahun 2017, Fakultas Farmasi merilis laman farmasi.uho.ac.id dan beberapa laman sosial media (Facebook, Instagram, Twitter). Dalam laman tersebut Fakultas Farmasi telah mengunggah hal-hal yang dipandang perlu untuk diketahui secara global, misalnya profil jurusan, aktivitas dosen dan mahasiswa, dan instrumen yang dimiliki oleh Jurusan/Program Studi. Laman dikelola dengan bekerjasama dengan pihak universitas yaitu UPT Pustik Universitas Halu Oleo. Selain itu, dokumen-dokumen menyangkut pelayanan akademik dapat diakses dengan mudah melalui laman resmi Fakultas Farmasi.